В академии сформированы и функционируют 8 научных школ.
Их основная цель – совместная научная и педагогическая деятельность коллектива исследователей разного возраста и квалификации, руководимых ведущими учеными-пенитенциаристами, объединяемых общим направлением научных работ, обеспечивающих эффективность процесса исследований и повышение квалификации сотрудников академии. Научные школы призваны быть организацией тесного, постоянного, неформального общения ученых, обмена идеями и обсуждения полученных результатов. Координация работы научных школ возложена на научный центр академии.
40.00.00 Юриспруденция, 38.00.00 Экономика и управление
37.00.00 Психологические науки, 44.00.00 Образование и педагогические науки